氨化細菌是魚菜共生必不可少的細菌，沒有氨后面的硝化細菌就無米下鍋，現在許多人談魚菜共生只談硝化細菌，這是不全面的。

        魚糞大部分是未消化的蛋白質多肽和核酸等未完全分解的營養成分，氨基無法游離，硝化菌無能為力。這就需要蚯蚓和氨化菌來分解，蚯蚓只是一個輔助作用，它對魚糞的分解也是靠體內豐富的菌群。氨化菌主要有枯草桿菌、假單胞菌屬、牙孢菌等，他們通過合成蛋白酶先將廢棄物分解成氨基酸，然后部分氨基酸被細菌吸收利用合成細菌繁殖所需要的物質，一部分分解產生能量，最終釋放出水二氧化碳和尿素，尿素就可以被硝化細菌繼續氧化成硝酸鹽。

       硝化細菌的作用對象是溶于水的氨離子，所以魚菜共生的富含氨離子的水是比較清的，最好是過濾了的，這樣才不會將硝化設備堵塞，影響硝化能力，這樣才能盡可能的減小硝化設備的體積。氨化過程不一樣，作用的對象是固體和膠質類的，氨化系統設計不好很快就會堵塞發愁產生硫化氫類的有毒物質，影響氨話菌的生存和繁殖。