無土栽培還有一個顯著優勢就是大大減輕了土傳病害。蔬菜病蟲害中，60%與土壤有關，解決了土傳病害，就明顯降低蔬菜病蟲害。

       需要強調的是，無土栽培盡管能有效解決土傳病害，但無土栽培并非傳說那樣沒有病蟲害！仍然會面臨其它病蟲害。另外，營養液的大面積循環使用，也存在水傳病害的可能性。

      基質培需要注意病蟲害通過基質傳播。盡管無土栽培的基質培基質含水量通常遠大于土培，可以抑制一些蟲害繁衍（比如遲眼蕈蚊即韭蛆），但仍不能杜絕所有病蟲害的傳播，所以，基質每茬需要消毒滅菌滅蟲。